自《囤房稅2.0》於 2023 年 7 月實施、並於 2025 年 5 月首次實際開徵後，引發各地納稅人對稅制適用的質疑。財政部於 5 月 20 日公布全國盤點報告，針對近期民眾反映較多的爭議情形提出說明及修正方向，以協助各縣市稽徵機關統一標準並保障納稅權益。
共有人自住認定爭議 財政部：將審慎評估調整
在共有產權的住宅中，若僅有部分共有人設籍並實際居住，其餘人未辦戶籍登記或未實居，是否可全戶適用自用住宅稅率成為爭議焦點。對此，財政部表示已納入評估範圍，未來將審慎研議，避免因技術認定問題影響合法自住權益。
車位稅率不一引混淆 北市與新北案例出現差異
報告中指出，台北市部分民眾反映自住房屋附屬車位被按非自住稅率（2%）課徵房屋稅，與期待不符。經確認後，財政部表示已依過往函釋原則，由台北市稅捐稽徵處主動於 5 月 13 日寄出修正後的稅單，並展延繳納期限。
而在新北市，部分車位因為獨立權狀也遭認定為非自住用途。財政部認為，車位屬主建物附屬設施，應與主建物用途一致課稅，若主建物為自用住宅，車位也應適用優惠稅率。預計將針對此類狀況發布正式函釋供各地稽徵單位統一遵循。
門牌與稅籍地址不一致 民眾被課錯稅
還有民眾因稅籍登記地址與戶政門牌資料不同，雖已完成設籍，卻誤收到非自住稅率的稅單。對此，財政部回應，將指導地方稅務機關依民眾申請更正稅籍登記，並補發正確繳款書。
【知識家觀點】《囤房稅2.0》雖有助於打擊多屋持有的稅制套利，但推行初期的配套與資訊整合仍顯不足。納稅人若收到疑似錯誤稅單，應主動向地方稅務單位查證，並留意是否有可適用的自住房屋稅率資格。政府應持續優化稅務資訊比對機制，以提升稅制公平與行政效率。
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